K stredovekému historickému jadru mesta boli tieto predmestia oficiálne pričlenené až v polovici 19. storočia, keď sa začalo obdobie ich úpadku. Podhradie sa po zrušení poddanstva postupne stávalo akousi perifériou s lacným ubytovaním, priťahujúcim chudobných prisťahovalcov.
Rôznorodé, nahusto umiestnené nájomné domy s úzkymi dvormi, schodiskami a uličkami vytvárali osobitú, priam útulnú atmosféru; stiesnená stavebná štruktúra územia však neskôr neumožňovala šetrné spôsoby rekonštrukcie, ani novej výstavby.
Podobu bratislavského podhradia z prvej polovice 20. storočia dnes poznáme už iba z archívnych záberov a umeleckých diel výtvarníkov - pamätníkov. Technologický pokrok, prílev obyvateľstva do Bratislavy a príchod "moderného" životného štýlu po 1. svetovej vojne spôsobili odsun pôvodných fukncií Podhradia do iných lokalít a postupnú degradáciu tejto časti mesta. Sústreďovala sa tu chudoba a kriminalita, obydlia fyzicky chátrali.
V medzivojnovom období sa začalo uvažovať o kompletnej prestavbe a vzniku univerzitného mesta, na ktorú sa vypísala medzinárodná súťaž. Všetky návrhy v nižšie uvedených reprodukciách z časopisu Elán (5/1942), boli utopické a megalomanské, žiaden sa nerealizoval. Územné plánovanie nového Podhradia zaznamenalo aj po 2. svetovej vojne viacero neúspechov, nerealizácií a kompromisov (napr. návrhy na Sídlisko Podhradie z archívnych fotografií Ústavu stavebníctva a architektúry SAV).
Väčšina z týchto projektov nepovažovala pôvodnú zástavbu za hodnotnú a počítala s jej úplnou náhradou. Časť domov bola poškodená už počas 2. svetovej vojny. Po jej skončení mnoho podhradských nehnuteľností prešlo do vlastníctva štátu na základe dekrétov prezidenta republiky, tzv. Benešových dekrétov o konfiškácii nepriateľského majetku. Na Vydrici a Zuckermandli totiž bývala i početná nemecká komunita.
Prispôsobovanie nábrežia cestnej doprave prebiehalo na úkor pôvodnej architektúry - výstavbu tzv. Slovanskej cesty, vedúcej od podhradia až po Karlovu Ves a neskôr ďalej na Devín, vidno na fotografiách Pavla Poljaka.
Osud štvrte napokon spečatila asanácia. Výstavba Mostu SNP v 60. a 70. rokoch priniesla razantné búranie, ktorému okrem viacerých ulíc Podhradia padla za obeť aj (vtedy už nepoužívaná) Neologická synagóga na Rybnom námestí. Inovatívny Most SNP sa stal novou dominantou, ktorá však neúprosne oddelila historické centrum od zóny Bratislavského hradu. Plynulé urbanistické prepojenie týchto mestských častí je dodnes nevyriešené.
Viac o histórii a osude Podhradia sa dozviete aj v článku Príbehy umenia: Podhradie a v rozhlasovej relácii Túlačka_FM.